屠宰及肉类加工企业在废水末端处理上，除预处理阶段有所差异外，采用的废水处理工艺基本类似。

预处理方面，猪、牛、羊等畜类动物与家禽类动物加工的废水处理有较大差异。相对而言，后者羽毛类杂物较多，不仅需要粗细格栅，还要采用捞毛分离机、水力筛等专用设备。

处理工艺方面，采用生化为主、物化为辅的综合治理路线，运行稳定、处理成本较低。上世纪八、九十年代，由于厌氧技术在该行业的研究应用较少，因此主要以传统活性污泥法为主，导致能耗及运行成本较高，且容易出现污泥膨胀等故障。目前，随着废水处理技术的发展，特别是UASB法及生物接触氧化技术的成功应用，规模化企业多采用厌氧与好氧相结合的工艺，小型企业主要采用简单的厌氧发酵生物处理工艺。此外，为保证处理效果，一般还会使用物化处理方法，包括气浮及混凝沉淀等。

在生化处理核心单元中，厌氧反应器以UASB为主，占80%，水解酸化工艺占15%，其他如ABR、UBF等占5%。好氧生化段，由于接触氧化运行稳定、便于管理，SBR类工艺运行灵活，对氮、磷去除效果好（尤其是对高氨氮废水），因此，目前国内以采用接触氧化和SBR为主。据统计，接触氧化工艺占45%，SBR占40%，其他占15%。

在厌氧+好氧处理工艺的基础上，氨氮得以稳定去除，但是同时大量的有机氮转化为无机氮，易导致总氮浓度升高。如果要进一步去除总氮污染物，需要企业继续深化废水处理，追加反硝化脱氮处理设施。