制药废水处理技术往往是从市政污水处理工艺移植过来的。主要工艺有活性污泥法、接触氧化法、生物转盘法、深井曝气、氧化沟等。

　　SBR具有均化水质、无需污泥回流、耐冲击、污泥活性高、结构简单、操作灵活、占地少，投资省、运行稳定、基质去除率高于普通的活性污泥法等优点，比较适合处理间歇排放和水量水质波动大的废水。但具有污泥沉降、泥水分离时间较长的缺点，在处理高浓度废水时，要求维持较高的污泥浓度，同时，还易发生高黏性膨胀。因此，常考虑在活性污泥系统中投加粉末活性炭，减少曝气池的泡沫，改善污泥沉降性能，及液-固分离性能、污泥脱水性能等，获得较高的去除率。

厌氧-好氧间歇式活性污泥法，即在进水、反应阶段充氧；在沉降、排水、空载排泥时不充氧，此时为厌氧消化。用此工艺进行制药污水处理时，不调PH值，可取得很好的效果；在进水COD浓度在1180～3060mg/L之间变化时，出水COD都小于300mg/L。并且生物制药废水经厌氧SBR法处理，可生化性大大提高，处理效果稳定，运行管理灵活。